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产品

细胞中非共价小分子结合袋的鉴定

平台技术特点

确定小分子药物与其靶蛋白的结合模式对于药物研发至关重要。在结构和物理化学水平上对这些相互作用进行全面分析可以显着加深我们对蛋白质功能的理解并促进药物设计和优化。结构生物学技术,包括X射线、冷冻电子显微镜(cryo-EM)、核磁共振(NMR)等,已广泛应用于药物结合模式的测定。蛋白质-药物复合物的高分辨率结构可以极大地有利于药物早期结构的优化。然而,蛋白质结构分析一直给生命科学研究带来挑战,特别是对于 G 蛋白偶联受体 (GPCR) 和离子通道蛋白等膜蛋白靶标。它通常在蛋白质纯化、蛋白质-药物复合物结晶筛选以及数据采集和处理等过程中消耗大量时间和资源。

一种理想的方法是识别活细胞内的蛋白质-药物相互作用模式。 这种方法不仅避免了与结构研究相关的高成本,而且还消除了高盐缓冲液或饱和药物等人为条件可能导致的误报。

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工作流程

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ChomiX 采用源自非共价小分子药物的光亲和化学探针,能够捕获位于活细胞结合袋中的标记肽,并随后通过质谱进行鉴定。一旦确定了肽序列和标记位点,就可以借助分子对接快速获得准确的结合模式。

技术优势

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案例研究

项目目标

药物 B 的假定靶标是一种跨膜蛋白,具有多个报道的药物结合袋。 X 射线和冷冻电镜等结构生物学方法失败了。将尝试化学蛋白质组学策略来获得活细胞中的结合模式。

实验方法

设计并合成了含有光交联和生物正交部分的光亲和探针B。首先确认了药物 B 的靶标结合,并通过 MS 对位于结合袋中的标记肽进行了测序。

数据可视化

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免疫印迹和基于 MS 的化学蛋白质组数据显示,候选药物可以有效竞争探针标记的信号,表明候选药物与活细胞中的靶蛋白直接结合。

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药物修饰肽的 MS/MS 谱图:CLPFIIGCNPTILH*VHELYIR

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基于MS的化学蛋白质组数据和分子对接的药物结合模式


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